پس از سقوط حکومت پیشین و روی‌کار آمدن طالبان، اکثر روشن‌فکران، دانش‌جویان، تحصیل‌یافته‌گان و دانش‌گاهیان به یک ناامیدی سردچار شده‌اند.
مقرری‌های نابه‌‌جا در وزارت خانه‌های تحصیلات عالی و معارف، هم‌چنین تسلط طالبان بر دانش‌گاه‌های دولتی افغانستان که اکثرا از تحصیلات عالی برخودار نیستند، بدین ناامیدی‌ها افزوده است. پس از روی‌کار آمدن طالبان، دانش‌گاه‌های دولتی در داخل کشور از فعالیت بازمانده و اکثر استادان دانش‌گاه‌ها نیز کشور را ترک کرده‌اند.
وضعیت ناگوار کشور بر دانش‌جویانی که در کشورهای بیرونی مصروف تحصیل بودند نیز تاثیرات منفی برجا گذاشته است. این دانش‌جویان که از امکانات بهتر تحصیلی نسبت به افغانستان برخوردار اند، یک‌جا با سرنوشت نا‌معلوم کشور به ناامیدی فرورفته‌اند.
سیف‌الرحمن، یکی از دانش‌جویان افغان که در شهر اسکی‌شهر ترکیه مصروف تحصیل است وضعیت دانش‌جویان افغان در خارج کشور را این‌گونه بیان می‌کند: «پس‌از آمدن طالبان خواه مخواه امید ما نسبت به آینده کم‌تر شده است. با وجودی‌که همه امکانات تحصیلی در دست‌رس ما قرار دارد اما ناامیدی‌ها نسبت به آینده کشور، ما را از فعالیت‌های اکادمیک مان باز می‌دارد. دوستان دیگر ما نیز در حین وضعیت قرار دارند. ما به آرزو اتمام دوره تحصیلات و به امید خدمت به مردم و وطن به این‌جا آمده بودیم.»
این دانش‌جو گفت: «شخصا هدفم این بود که پس از ختم دوره تحصیلی‌ام به افغانستان برگشته و در یکی از دانش‌گاه‌های افغانستان به‌حیث استاد دانشگاه خدمت کنم ولی اکنون که وضعیت را می‌بینم فکر می‌کنم برگشتم به افغانستان در چنین شرایطی ممکن نیست. چون هیچ تضمین امنیتی در دولت طالبان برای شهروندان وجود ندارد. از این‌رو انگیزه‌ام برای درس خواندن و تلاش‌های علمی نیز از بین رفته است.»
با این حال، شماری از استادان دانش‌گاه‌های افغانستان که برای اتمام دوره‌های ماستری و دکترایشان در کشورهای خارجی حضور داشتند نیز پس از سقوط نظام، در یک سردرگمی تمام عیار به‌سر برده و از عدم انگیزه‌ی شان برای فعالیت‌های اکادمیک و علمی سخن می‌زنند. یکی از دانش‌جویان مقطع ماستری در ترکیه و در حین حال استاد برحال دانشگاه تعلیم و تربیه بلخ که نمی‌خواهد اسمش فاش شود؛ وضعیت ناگوار دانش‌گاه‌های بلخ و تاثیر آن‌را بر روی فعالیت‌های علمی خودش چنین شرح می‌دهد؛ «معاش استادان در دانش‌گاه‌ها تقریبا پنجاه فیصد تقلیل یافته و دو ماه معاش استادان پرداخت نشده است. شرایط به‌شدت ناگوار است. اکثر هم‌کاران ما در دانش‌کده تعلیم و تربیه هنوز در افغانستان هستند ولی بنابر اطلاعات شخصی که دارم در بعض دانش‌کده‌های دیگر مانند دانش‌کده طب، انجنیری و اقتصاد اکثر استادان کشور را ترک کرده‌اند. همین اکنون در دانشگاه انجنیری بلخ هیچ استاد نمانده است. استادانی که در افغانستان هستند نیز در فکر ترک کشور هستند. در یک چنین وضعیت بد امنیتی و اقتصادی امید ما نیز از بین می‌رود. به‌خاطر تضمینی که از ما در وقت آمدن به این‌جا گرفته شده مجبوریم پس از اتمام درس های‌مان به افغانستان برگردیم ولی شخصا هیچ تصمیم ندارم در چنین حالتی در افغانستان باشم. از این‌رو انگیزه‌ی ما برای فعالیت‌های اکادمیک و اتمام درس‌ها خیلی کم‌شده و امیدی برای آینده نمانده است.»
یکی دیگر از دانش‌جویان افغان به اسم مستعار عبدالله که در مقطع دکترا در رشته‌ی انجنیزی در کشور ترکیه مصروف تحصیل است و هم‌چنان استاد برحال دانشگاه پولیتخنیک کابل می‌باشد. به با آماج گفت: «وضعیت در مجموع خوب نیست. معاش‌های ما در افغانستان ۳۵ تا ۴۰ فیصد کاهش‌یافته است. چهار ماه معاش ما از سوی طالبان پرداخته شده و دو ماه هنوز پرداخت نشده است. یک نفر نماینده‌ی طالبان در کنار رییس دانشگاه حضور دارند و امورات اکثرا طبق میل ایشان پیش می‌رود. ولی هم‌کاران ما هنوز در افغانستان مصروف کار هستند. من هنوز مصروف ختم دوره دکترای خودم هستم ولی اگر تا ختم دوره تحصیلم شرایط همین‌گونه دوام داشته باشد نمی‌خواهم به افغانستان برگردم. بدون شک شرایط کنونی روی درس‌ها و سایر فعالیت‌های علمی ما تاثیر گذاشته اما کوشش می‌کنیم بر این وضعیتِ ناامیدکننده فایق آییم.»
این در حالی‌ست که شماری زیادی از استاد دانش‌گاه‌های کابل، بلخ و هرات از وظیفه‌های شان کناره رفته‌اند. اما طالبان همیشه از نبود تبعیض قومی سخن می‌زنند. آگاهان بدین باور اند که با توجه به حساسیت موجود در درون جامعه، هرگونه سیاست قومی کشور را به سوی تباهی بیش‌تر می‌کشاند.
با این حال، گزارش‌ها نشان می‌دهد از زمانی که طالبان کنترل افغانستان را به دست گرفته‌اند، ۲۲۹ استاد از سه دانشگاه بزرگ کابل، هرات و بلخ از کشور خارج شده‌اند.
اکثر استادانی که از این سه دانشگاه به خارج از کشور رفته‌اند، درجه‌های تحصیلی فوق لیسانس یا دکترا داشته‌اند.
بیش‌ترین تعداد استادان از دانشگاه کابل انصراف داده‌اند که شمار آنان به ۱۱۲ نفر رسیده است. کابل بزرگ‌ترین و مهم‌ترین دانشگاه افغانستان است که در آن پیش از تسلط طالبان هزاران دانش‌جو در مقاطع لیسانس و فوق لیسانس و دکترا مشغول تحصیل بودند.
